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　　2012年12月，我校顺利通过教育部本科教学工作合格评估专家组的评估。2013年是通过教学合格评估之后的第一年，教学整改被放在重要地位，学校先后召开多次会议对专家组所提出的意见、建议部署落实，对师资队伍建设、专业学科结构调整、教学管理改革以及服务地方、合作办学等方面的工作进行再讨论、再整改、再提升。
　　1月23日上午，学校召开《本科教学工作合格评估整改方案》研讨会，各单位负责人结合本单位实际和专家组提出的问题和建议，对整改方案提出修改意见，使方案更具操作性。3月14日，学校召开“学科专业整合与管理体制改革”研讨会。3月21日，学校召开“办学条件与人才队伍建设”研讨会。3月28日，学校召开“教学中心地位与干部作风建设”研讨会。4月26日，学校邀请教育部本科教学工作合格评估专家、全国应用型本科院校专门委员会主任委员、金陵科技学院党委书记陈小虎来校指导工作，并为全校领导干部及教师代表作题为《应用型本科院校办学问题与思考》的专题报告。
　　一年来，学校教学科研工作成绩斐然。3月1日，山东省文化创新奖评出首届30奖项，音乐系主任闫永丽主持的 《山东琴书的教育传承与创新模式研究》在近200项申报项目中脱颖而出，获首届山东省文化创新奖。10月24日至27日，蒋震机电工程学院代表我校首次随团参加在韩国首尔市举行的2013年国际类人机器人比赛，参加的排列物品、跑步、越障和马拉松共四个单项比赛获一等奖1项，二等奖3项。在山东省卓越工程师教育培养计划评选中，蒋震机电工程学院机械电子工程专业和园林工程系食品科学与工程专业入选。
　　学校进一步规范教学科研管理制度，出台了《菏泽学院学术期刊分类办法 （修订）》《菏泽学院学术著作出版基金管理办法》《菏泽学院专利管理规定》《菏泽学院科研创新团队建设实施办法（试行）》《菏泽学院教学工作奖励办法》《关于加强实验室中心化建设的意见》《菏泽学院素质课管理办法》等文件，学校管理科学化水平不断提高。