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　　1936年西安事变后，张学良主动送蒋介石回南京，此事为世人所震惊，傅斯年1937年1月3日于南京致函蒋梦麟、胡适、周炳琳报告此事及南京政局。
　　1937年1月4日傅斯年又致密信蒋梦麟、胡适、周炳琳，报告西安和南京的政治情况，并要求“看后焚之”。
　　1月7日傅斯年得知南京政府审判张学良时，又写信给蒋梦麟、胡适，并转周炳琳、张奚若，报告张学良在受审时的表现。这又是一封绝密的信件，要求“看后焚之耳”。周炳琳没有将这些绝密信焚毁，而是将它交还给胡适先生了，胡适也没有将它们焚毁，使我们至今尚能见到这些信件。
　　这一时期，从傅斯年的书信看来，他和周炳琳的关系是非常密切的。
　　1937年抗日战争爆发后，周炳琳在南京政府教育部常务次长任上，经手办理将北大、清华、南开三所大学迁往湖南长沙，成立临时大学的文件。他率教育部的人员先是迁到汉口，后来乘江轮迁到重庆。此时作为教育部次长的周炳琳和作为北大教授的傅斯年均被派定为长沙临时大学的筹备委员。12月南京陷落，武汉告急，长沙吃紧，长沙临时大学又迁云南昆明，成立西南联合大学。西南联大先是任命周炳琳为总务长，后又任命周为教务长，但他因受任中央政治学校教务主任并奉蒋介石命整顿中央政治学校，而辞去联大的这些职务。在中央政校工作了一年，他因推崇“自由教育”的办学观念与陈果夫教育长发生严重的矛盾，终于辞职回到西南联大任经济系教授，一度曾任法商学院院长。
　　北京大学校长原为蒋梦麟，他在任北大校长以前担任南京政府教育部部长时曾亲手制定“大学校长不得兼任行政官吏”的规章。抗战后期他在重庆担任了行政院秘书长的职务，理应辞去北大校长职务，可是，蒋梦麟仍想继续担任北京大学校长，这就遭到北大同仁的一致反对。郑天挺教授认为：“果有此事，未免辱人太甚，不惟个人之耻，抑亦学校之耻。”
　　傅斯年对蒋梦麟出任行政院秘书长，也非常生气。他在1945年6月30日致周炳琳、郑天挺的信中写道：
　　先与孟邻先生说，初谈大吵大闹，直可入电影。第二天他来了，说我们用意极善，极可感，请适之担任（北大校长），在他无问题。孟邻先生此一态度，至可佩也。一切待枚荪、端升二兄来此细商。但适之先生身体一时不能返，他肯就否，亦难决，乞公等考虑之。
　　关于此事，蒋梦麟在1945年7月8日致郑天挺的信中写道：
　　弟决去职（指辞北大校长）系采孟真之建议，盖当时尚未闻有公然之攻击。孟真来行政院，彼一启口，弟便怒骂之，彼亦怒目相报，孟真去后，弟便深感其信之忠直。越日驱车还谒，告之其偏见中有真理，真理中有偏见，决采其意见而感谢之。厥后愈思而愈感其忠诚。
　　1945年8月7日傅斯年又同重庆政府要员北大校友朱家骅当面劝蒋辞去北大校长职务，蒋梦麟终于同意辞去北大校长职。这时傅斯年又向教育部朱家骅部长建议“枚荪代理一时”，事见傅斯年1945年10月17日致胡适函。周因是反对蒋兼任北大校长的领头人物，他坚决拒绝代理北大校长，表示“不肯居于负责的地位”。周建议由胡适继任北大校长，并由傅斯年代理校长。周炳琳与文学院长汤用彤、生物系主任张景钺、图书馆长毛子水4位教授联名电请胡适回国担任北大校长。9月，政府任命胡适为北大校长，并由傅斯年在胡适回国前代理北大校长。傅斯年于1945年至1946年间代理了北大校长。
　　在西南联大，常务委员会为最高行政领导机构，常委会委员为三校校长，常委会主席首先由梅贻琦担任。1945年9月梅贻琦赴重庆出席教育委员会议，11月又赴北平准备接收清华园，梅委托周炳琳代理常委会主席。在周炳琳代理常委会主席期间，昆明发生了11月25日晚反内战时事演讲会遭到军警包围和开枪恐吓的事件，次日，昆明各校学生宣告罢课抗议。11月29日联大召开教授会议，推举周炳琳等起草《国立西南联合大学全体教授为11月25日地方军政当局侵害集会自由事件抗议书》。
　　周炳琳又于1945年11月29日致函傅斯年，报告25日晚反内战时及演讲会遭到军警包围和开枪恐吓的经过以及西南联大校务会议的处置情况，并向傅斯年了解政府对此事的看法。原信现存台湾中央研究院近代史研究所，是闻一多先生之孙闻黎明研究员专程去台北复印回来的。
　　1945年12月1日昆明发生国民党军警杀害进步师生的惨案，引起公愤。12月2日西南联大召开教授会议，推派周炳琳等代表教授会参加4烈士公祭，并致悼词。12月4日西南联大又召开教授会议讨论是否罢教声援学生运动问题，经过辩论通过了周炳琳提出的“停课七天”的决议。中共中央在重庆办的《新华日报》于12月9日发表社论《中国青年的光荣》，认为罢教具有重大意义，因为这“是过去任何一次学生运动中所未曾有过的”。
　　一二·一惨案发生后，傅斯年带着平息事态的使命被政府派到昆明，作为联大常委会委员处理学生运动。他和周炳琳都住在云南省主席龙云让出的公馆东院的才盛巷北京大学办事处中。梅贻琦一回到昆明，就到才盛巷与周炳琳、傅斯年等晤谈。12月14日梅贻琦在才盛巷与傅斯年商议后，于15日由常委会全体委员召集学生代表在清华大学办事处谈话，由傅斯年、周炳琳等劝告同学按照梅贻琦的要求及时复课。12月17日，由于西南联大学生未能按学校要求复课，梅贻琦表示要辞去联大常委会委员职务。教授会立即召开会议，周炳琳为主席，闻一多为纪录。会议决议：明日劝导学生复课。这一时期，周炳琳、傅斯年和梅贻琦多次在一起商讨动员学生复课、保存西南联大不被政府解散的对策。12月22日西南联大教授会发出由周炳琳牵头起草的《呈最高法院告诉状》，控告一二·一惨案的主谋凶犯李宗黄、关麟征、邱清泉等。23日梅贻琦、周炳琳等到昆明飞机场送傅斯年飞往重庆。同日，一二·一惨案的主使人李宗黄调离昆明。26日昆明学生罢课联合会宣布次日起停灵（4烈士灵柩停在联大图书馆中）复课。（连载之二）