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　　中国近代大学起源于19世纪下半期，初期的大学大多为外国教会所创办，本国官办的大学（如京师大学堂），虽在课程设置和管理体制上取法欧美或日本，但仍然受到自身旧体制的约束，不成其为真正意义上的大学。作为一个职业型的教育家，蔡元培对教育的兴趣“偏于高等教育”，对大学制度的设计自然成为他的专业兴趣所在。
　　蔡元培有关高等教育的思想最初体现在民国初年担任教育总长时制定的《大学令》中，这项法令不太为人们所注意，实际上它包含了蔡元培建立现代大学制度的基本思路和主张，在当时具有法律效应，故蔡元培一再向人们强调这份法令为他所起草，其中缘由正是基于此。但蔡元培大学理念的具体操作和真正实施，是在他担任北京大学校长期间。为治理、整顿北大，他采取了一系列措施，体现了他对现代大学“学术化”的理想追求。
　　第一，阐明大学教育的宗旨在于培养学术人才，而非变成升官发财之门梯。故学生之志趣必以钻研学术为指向，教师聘用也应以其才学为原则，这是对京师大学堂所积官僚旧习的一次重大改革。
　　蔡元培在《就任北京大学校长之演说》中提出改造北大的三项要求：“一曰抱定宗旨”，“二曰砥砺德行”，“三曰敬爱师友”。揭破“大学学生，当以研究学术为天职，不当以大学为升官发财之阶梯”的旨意。他说：“外人每指摘本校之腐败，以求学于此者，皆有做官发财思想，故毕业预科者，多入法科，入文科者甚少，入理科者尤少，盖以法科为干禄之终南捷径也。”而“大学者，研究高深学问者也”，“若徒志在做官发财，宗旨既乖，趋向自异”。为改进学风，他计划首先要办的二事：“一曰改良讲义”，“二曰添购书籍”。
　　为培养校内的学术空气，蔡元培在教员聘请方面，延聘学有专长者来校任教，辞退旧教员中滥竽充数者；为保证教学质量和改善教员的结构，他做出了六条特别规定，其中第三条为“教员中有为官吏者，不得为本校专任教员”，这对旧的官僚习气是致命的一击。按照这一成规，如在教育部担任佥事的鲁迅，因在政府部门任职，即只被聘为北大的兼任讲师。
　　提高教学质量的另一个举措是创建研究所，为师生提供进一步研修的学术机构。实行选科制，培养学生对所学专业和课程的兴趣。创办各种刊物，诸如《北京大学日刊》、《北京大学月刊》、《国学季刊》等；傅斯年等新潮社成员创办《新潮》，蔡元培从北大年度4万元的经费中拨出2000元资助，为师生发表学术研究成果提供园地。鼓励创办社团，开展健康有益的活动。通过这些举措，校园的学术空气逐渐浓厚起来。
　　第二，提出“兼容并包，思想自由”的原则，为发展学术，给学术研究提供广阔的空间。
　　大学者，“囊括大典，网罗众家”之学府也。《礼记·中庸》曰：“万物并育而不相害，道并行而不相悖。”足以形容之。如人身然，官体之有左右也，呼吸之有出入也，骨肉之有刚柔也，若相反而实相成。各国大学，哲学之唯心论与唯物论，文学、美术之理想派与写实派，计学之干涉论与放任论，伦理学之动机论与功利论，宇宙论之乐天观与厌世观，常樊然并峙于其中，此思想自由之通则，而大学之所以为大也。这是蔡元培的一段名言，也是他治理北大的指导思想。正是本着这样一种精神，蔡元培对各种思想、各种主义、各种见解都取一种包容的态度，使北大真正成为新思想的生长地和外来思潮的主要输入者。
　　第三，实施“教授治校”的民主管理体制。
　　进入北大，蔡元培即感受到北大原有体制具有独断的性质，对此，他有一段说明：“我初到北京大学，就知道以前的办法是，一切校务都由校长与学监主任、庶务主任少数人办理，并学长也没有与闻的。我以为不妥。”故他决心对北大的体制进行调整和改革，其措施包括：建立评议会，它由各科学长和教授中选出的评议员组成，一年一选，“给多数教授的代表议决立法方面的事”。恢复学长权限，给他们分任行政方面的事。组织各门教授会（后改为各系教授会），由各门教授会会员（讲师、教授者均具资格）选举，任期二年，“由各教授与所公举的教授会主任分任教务”。废门设系，原各门学长由校长任命，他只对校长负责，现在系主任由各系教授互选。设立教务处，由各教授会主任组成，从中推选教务长一人，协助校长管理全校教务，任期一年。设立行政会议，作为全校最高行政机构和执行机构，其成员以教授为限，下设十一个专门委员会分管各方面行政事务，校长有权指定各专门委员会的成员。行政会与教授会共同组建“双重的行政管理体制”。设立总务处，总务长主管学校的人事与财务。所有这些组合在一起，即是时人所称道的北京大学“教授治校”制。实施这套制度，其目的是为了发挥教师的积极性，保证学校工作在民主管理的机制下正常进行。蔡元培居北大校长名义“十年有半，而实际办事，不过五年有半”。他不在校期间，北大工作的运行，靠的就是这套“教授治校”的民主管理制度。
　　第四，重视基础学科在大学学科建设中的地位，强调以文、理两科为重点的发展方向。
　　关于大学的学科设置，蔡元培有一基本的看法:“学与术虽关系至为密切，而习之者旨趣不同。文、理，学也。虽亦有间接之应用，而治此者以研究真理为的，终身以之。所兼营者，不过教授著述之业，不出学理范围。法、商、医、工，术也。直接应用，治此者虽亦可有永久研究之兴趣，而及一程度，不可不服务于社会；转以服务时之所经验，促其术之进步。与治学者之极深研几，不相侔也。鄙人初意以学为基本，术为支干，不可不求其相应。”故蔡元培强调基础理论学科的建设，北大原有文、理、法、商、工五科并立，学生为谋求仕途，都愿选择法科，文理科门庭冷落。冯友兰忆及他报考北大时，曾详细说明这一情形。
　　蔡元培原设想：（一）扩充文、理两科，（二）法科预备独立，（三）商科归并法科，（四）截止办工科，（五）改革预科。实际推行者有（一）、（三）、（四）、（五）项。蔡元培这种以文、理科为主，重视基础学科研究的构想对北大以后的学科建设影响深远，北大学科的发展基本上沿承了他指定的这一方向。
　　蔡元培还推行男女同校，倡导平民教育，允许校外人员进入北大旁听，实行开门办学，这些都为北大摆脱传统的那种贵族式教育，走上一条健康、活泼、开放的现代大学教育之路铺垫了基础。