首都医科大学国际交流与合作处（合署港澳台事务办公室）是执行涉外政策、协调国际及港澳台地区交流与合作事务的职能部门和办事机构。主要负责学校国际交流合作、港澳台事务管理、国际会议申办、涉外专家引智、因公出国出境等工作。
学校先后与境外50多个合作伙伴签署合作交流协议，其中有美国耶鲁大学、哥伦比亚大学、匹兹堡大学、纽约州立大学布法罗分校、德克萨斯休斯顿医学院、内布拉斯加大学医学中心；加拿大英属哥伦比亚大学、多伦多大学、卡尔加里大学、麦吉尔大学；瑞典卡罗林斯卡医学院，英国卡迪夫大学、南安普顿大学，比利时根特大学、布鲁塞尔自由大学，荷兰拉德布德大学，法国洛林大学；澳大利亚昆士兰大学、新南威尔士大学、莫纳什大学、埃迪斯科文大学；韩国首尔大学，香港中文大学，台湾大学等。
合作项目涵盖师生互换交流项目，联合培养项目，合作科研等，为我校广大师生提供了国际交流的广阔空间和更多机会。其中，学校现有多个学生交流境外学习项目及联合培养项目，在校学生有机会赴美国、英国、荷兰、比利时、奥地利、澳大利亚、俄罗斯、韩国等国家进行交流学习。
积极组织学校师生申报国家及海外的各项资助，如国家留学基金委设立的各种项目，包括：国家公派高级研究学者及访问学者（含博士后）项目、国家建设高水平大学公派研究生项目、瑞士互换奖学金项目、创新型人才国际培养项目、人才创新项目（中美医学计划）、促进与加拿大、澳大利亚、新西兰及拉美地区科研合作与高层次人才培养项目等；其他项目有：北京市教委京港澳交流项目、北京市教委菁英奖学金项目、美国纽约州立大学布法罗分校学者交流项目等。交流项目涵盖临床医学、基础医学、护理、预防医学、口腔、儿科等学校开设的所有专业，为学生开阔了国际视野，感受国际化的医学教育。
作为“一带一路”医学人才培养联盟理事长单位、“一带一路”国际医学教育联盟理事单位和中国-东盟高校医学联盟理事单位，积极参加与“一带一路”国家的交流合作活动，并与俄罗斯阿尔马佐夫国家医学研究中心、巴基斯坦巴利亚大学和蒙古国立医科大学签有校际协议，积极开展合作。