一、房地产企业涉及三个环节的印花税（1）受让土地缴纳的印花税营改增之前在“管理费用”中核算，在计算土地增值税时已包含在“房地产开发费用”中扣除，不再单独重复扣除；营改增后，印花税在“税金及附加”中核算，不再体现在管理费用中，法理上可以单独扣除，但税务机关没有允许扣除的规定；
（2）开发经营过程中涉及到的各类合同，例如：设计合同，建筑安装工程合同、材料及设备采购合同、销售合同等。营改增之前印花税在“管理费用”中核算，营改增后，“营业税金及附加”科目名称调整为“税金及附加”科目，该科目的核算范围包括了印花税，但是这只是会计核算科目的调整，并没有改变印花税在税前扣除的根本实质，因此，开发环节缴纳的印花税不能重复扣除；
（3）销售环节缴纳的印花税已列入“管理费用”中按统一比例扣除，因此销售环节的印花税也不能重复扣除。根据《增值税会计处理规定》财会〔2016〕22号文件，对销售环节缴纳的印花税不再计入“管理费用”，而是计入“税金及附加”，但土地增值税立法是基于当时的会计处理，虽然会计政策变化了，但土地增值税立法本意不变，即使印花税计入“税金及附加”，仍不能在计算土地增值税时扣除。
二、非房地产企业转让使用过的旧房涉及的印花税转让旧房的土地增值税计算如果选择实行重置价扣除，房屋的重置价中已经包含了契税以及印花税的因素，所以不能重复扣除受让环节的印花税；如果采取按发票金额按年加计，文件仅明确对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不得作为加计5%的基数。文件并未明确印花税。