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1960年创建解算装置及技术专业；1965年，在专业创始人王能斌教授的带领下，自主研发我国第一台数字积分机；

1970年代开辟数据库研究方向，1978年建立计算机工程专业，1981年成立计算机科学与工程系；

1980年代初，学科奠基人、中国计算机网络领域第一位院士顾冠群教授，编写国内第一本《计算机网络》统编教材，主持研制我国第一个OSI市域网络；

1990年代，主持研究现代集成制造系统（CIMS），即工业互联网的前身；建立国家863/CIMS计算机网络与数据库工程实验室。相关成果先后获得国际SME“工业领先奖”、国家科技进步二等奖和江苏省科技进步一等奖；

1999年7月，由东南大学与台湾中央大学共同发起的第一届海峡两岸信息技术研讨会在台湾召开。此后该会议每年一次轮流在大陆和台湾举行，至今已经走过22个年头，成为海峡两岸学术交流的一个标志性活动；

2000年代初，罗军舟教授牵头承担网络教育关键技术及示范工程，带领有41个高校和企业参加的800余人联合攻关队伍，在全国25个省市自治区建立应用示范点142个，使用人数超过60万人。该项成果获2010年国家科技进步二等奖；

2002年开始，深度参与诺贝尔奖获得者丁肇中教授领衔的阿尔法磁谱仪（AMS-02）国际合作项目，东南大学AMS数据处理中心已经成为人类“寻找反物质”的一个重要基地；

2017年以来，牵头承担国家重点研发计划项目4项、课题10余项，居同类高校前列；获国家科技进步二等奖1项，省部级一二等奖科技奖励多项；

2018年，由李幼平院士主持制定的《统一内容标签格式规范》正式成为国家标准，标志着我校在内容元数据科研方面取得重大突破；

2018年，人才培养项目《产业需求牵引的计算机类创新型工程人才培养模式的探索与实践》获国家级教学成果一等奖。