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1912年9月15日，袁世凯为维持国家稳定，对全国军队进行了统一改编；次年6月免去革命党人担任的赣、皖、粤三省都督，这触犯了南方军阀利益。同时，以宋教仁为代表的革命党人，对民主共和国体和议会内阁制政体充满信心，经孙中山同意，他联合同盟会各派别组建了中国国民党，参加议会选举。1913年2月举行中华民国第一届议会选举，国民党成为多数派，拟由宋教仁组阁出任总理。然而，是年3月20日，从上海正准备乘车北上的宋教仁意外遇刺身亡，凶手为革命党人共进社成员武士英。对于此案，孙中山一方指责说，是袁世凯的亲信、时任国务总理的赵秉钧教唆所致；而袁世凯一方则反驳，是国民党的内斗所致，是孙文怕失去主导地位而精心策划的，类似于后来廖仲恺被刺案。其真相到底如何，已成为历史谜案。但此案成为孙中山武力反击袁世凯的理由，是年7月他另组建了“中华革命党”，发动“二次革命”，虽然很快被镇压，却开启了民国时期军阀之间一言不合便武力相向的风气之先。“二次革命”是在孙中山指示下，首先由被剥夺军职的原安徽都督李烈钧（孙传芳的留日同学），于1913年7月12日在湖口打响，宣布安徽独立。袁世凯命两路军队南下镇压，孙传芳所帅辎重第二营随第二师开赴九江。战斗中，孙传芳营用小火轮拖拽民船把士兵运送到湖口东岸，经激烈交战夺下制高点，配合大部队攻下湖口，赶跑了叛军，占领江西。此战，孙传芳立功，被授予四等文虎勋章，并被提拔为第二师第六步兵团长，成为第二师中阵地战、攻坚战的“能战”之将。

1914年1-2月，王占元以孙传芳的第六团为核心，组成一个混合加强团，由孙传芳率领从湖北开赴鄂豫皖边界围剿白朗匪军。针对白朗军流动作战、飘忽不定的特点，孙传芳采用出其不意、突然包围的战法。在一个大雨滂沱的夜晚，急行军7小时，把睡梦中的白朗军一举包围在皖北霍山城外的阵地，经激战，白朗军损失惨重，残部突围后进入河南商城，旋又被孙传芳追击包围，在其他部队配合下，孙传芳用火炮猛攻，击退了白朗军无数次突围。商城一战，白朗军主力被消灭，小股逃散而去，匪患自此解除，孙传芳及其所在的第二师为此立了大功，被政府传令嘉奖，孙传芳升任第二师第三旅旅长，王占元则被授襄武上将军，督理湖北军务。1916年6月，袁世凯复辟帝制失败后病死。6月8日，北京政府加衔孙传芳为陆军少将。1917年7月王占元兼署湖北省长，王金镜升任第二师师长。此时，孙传芳军驻防宜昌。

袁世凯最大败笔就是复辟帝制，毁掉一世英名。1915年12月，袁世凯准备称帝，云南的唐继尧、蔡锷、李烈钧宣布云南独立，组织护国军，发动了护国战争。在强大的反对声浪下，袁世凯被迫取消帝号、恢复共和。袁世凯死后，北洋系统失去了强力核心，陷于分裂，逐步分裂出以冯国璋、曹锟为首的直系、以段祺瑞为首的皖系、以张作霖为首的奉系以及后来分裂出的以冯玉祥为首的国民军系，加之南方与革命党人密切关联的各派军阀，都各自佣兵自重，相互之间又斗争又勾连，兵连祸结，纷争不断。

袁世凯死后，北洋政府由副总统黎元洪接任总统，恢复了临时约法和国会，段祺瑞任国务总理，1916-1920年，民国北洋政府实际处在皖系段祺瑞控制时期。因黎元洪与段祺瑞在第一次世界大战对德宣战问题上发生“府院之争”，黎元洪解散国会、越权罢免段祺瑞总理职务，矛盾激化。进京调和的安徽督军张勋乘机拥戴溥仪复辟帝制，被段祺瑞镇压。1917年7月，黎元洪辞职，由副总统冯国璋代理总统，段祺瑞复任国务总理。1917年7月17日，孙中山到达广州召集部分南下议员召开国会非常会议（因议员不足法定员额），决定成立中华民国军政府，对抗北京政府，由孙中山任军政府海陆军大元帅，与西南军阀联合发起了推翻段祺瑞的“护法运动”，尽管该割据政府内部各怀鬼胎、很不一致。此时，冯国璋与段祺瑞在关于对付广东割据政府的政策方面又发生了分歧，冯主张和平谈判，段坚持武力统一，史称“第二次府院之争”。在主战派的强大压力下，冯国璋不得不妥协，派曹锟、吴佩孚率第三师等主力南下，挫败了粤桂湘联军，占领长沙。孙传芳此时升任第二十一混成旅旅长。

段祺瑞废除临时约法，1918年10月成立御用“安福国会”，选举徐世昌为大总统。