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　　我校作为第一完成单位获得江苏省科学技术奖10项。
　　我校被江苏省教育厅授予“江苏省科技工作先进高校”。
　　基础医学、公共卫生与预防医学被省教育厅遴选为国家一级学科重点学科培育建设点。
　　南京医科大学管乐团在荷兰2009年梵高国际音乐节获一等奖。
　　我校获第二届全省高等学校学生教育管理创新奖一等奖1项，三等奖1项。学生教育管理优秀论文2篇。
　　我校被教育部授予全国教育系统 “祖国万岁”歌咏活动高校优秀组织奖，被中共江苏省委教育工委和江苏省教育厅授予江苏省教育界庆祝新中国成立60周年 “我爱我的祖国”万人歌咏大会优秀组织奖。
　　基础医学院生物医学工程系李开良、刘永康、崔燕南、成刚、肖富男、景生华获全国大学生电子设计竞赛江苏赛区一等奖。
　　药学院临床药学专业2005级学生夏杰获第十一届“挑战杯”全国决赛二等奖。
　　口腔医学院七年制专业 2007级学生徐万林，基础医学院生物医学工程专业2008级学生祁长红、倪萍获全国大学生数学建模竞赛二等奖。
　　校纪委、监察处被省委教育工委、省教育厅授予“全省教育纪检监察先进集体”；纪委办副主任、监察处副处长王兴东被授予“全省教育纪检监察先进个人”。
　　《南京医科大学报》被江苏省教育厅评为省高校优秀校报。校报编辑室被评为江苏省高校“校报工作先进集体”，编辑室主任蔡心轶被评为“校报工作先进个人”。
　　口腔医学院分党委“以医院文化建设为载体加强党的先进性建设”申报项目被省委教育工委评为“高校党建工作创新奖”。
　　心理健康教育与研究中心副主任郑爱明被共青团江苏省委授予“江苏省新长征突击手”。
　　口腔医学院七年制专业2005级学生张玉超被共青团江苏省委授予“江苏省优秀共青团员”。