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　　1945年12月1日，昆明发生“一二·一”惨案，特务暴徙闯入西南联大师范学院，进攻西南联大新校舍，昆明师生于再、潘琰、李鲁连、张华昌牺牲，重伤25人，轻伤30余人。惨案发生后，周炳琳声泪俱下地表示哀悼死难同学和教师，支持正义的学生运动。认为蒋介石应该下“罪已诏”。他于12月2日作为西南联大常委会代理主席签发了《西南联合大学致教育部长朱家骅快邮代电》，报告“一二·一”惨案实况，并且要求“钧座来昆，亲加处理”。本快邮代电全文为：
　　教育部朱部长钧鉴：本校师范学院，突有暴徒数十人侵入，捣毁教具，学生图谋拦阻，该暴徙等突掷手榴弹四枚，学生因此受伤者八人，内男生李鲁连女生潘琰及昆明华工校学生荀极中（按：即张华昌）三名因伤致命。又晨十一时，本校工学院学生宿舍亦被暴徒冲入，捣毁校具；下午二时后复闯入该院办公室，继续捣毁校具。当有本校教授马大猷上前劝解无效，手部复被殴伤。本校师院附中午间亦被暴徙闯入，捣毁校具多件。先是云大亦有类似情事。本校新舍，适有身著军服军士百余人，行经校门，学生深恐系前来寻衅，乃将校门关闭，冀免侵入。乃竟不免冲突，以石块锄棍等项武器隔墙到互掷，结果学生受伤者十人。窃查：学术机关竟致发生如此惨案，刻下事态严重性仍未减低。已将事实经过就近通知钧部周司长及云南警备司令部，请求察看，及采取处置外，理合据实陈报钧部，仰祈鉴核，除分呈蒋主席宋院长外，并请钧座来昆，亲加处理，不胜迫切待命之至！
　　国立西南联合大学叩冬（二日）（原件存南京中国第二历史档案馆）周炳琳还于1945年12月2日上午受西南联大教授会的推派，与汤用彤、霍秉权教授一起参加死难学生入殓仪式，代表教授会同人致祭，并在公祭大会上致悼词。本次西南联大教授会还要托周炳琳签头组织法律委员会。后来，教授会又委托法律委员会收集有关本次事件的资料，起草《西南联大教授会为控告杀人罪犯李宗黄、关麟征等告诉状》，控告“一二·一”惨案的罪魁祸首。《告诉状》分两份，一份呈国民政府军事委员会，控告罪犯关麟征、邱清泉等现役军人；另一份呈最高法院转呈重庆实验地方法院控告罪犯李宗黄、周绅等非军人。他们的罪行虽然发生在云南昆明，但是考虑到在云南境内难以公平审判云南前代理省主席李宗黄等，所以要告到重庆实验地方法院。在《告诉状》中写道：上述被告人，“败法乱纪，罪大恶极”，“创历来学潮惨案之记录，举过去万恶军阀所不敢为者”，“苟不严惩，国将不国”。本告诉状的全文如下：
　　为请依职权裁定，准将本案共犯中非军人部分，移转管辖于重庆实验地方法院，以期公平而维公安，事缘：云南省政府委员前兼代主席李宗黄，云南警备总司令关麟征、第五军军长邱清泉等，利用职务上之权力及方法，阻扰集会，妨害自由，聚众强暴，扰乱秩序。滥用权力，违法杀人，施毒打轰炸于学生，加侮辱伤害于教授，败法乱纪，罪大恶极。苟不依法严惩，岂仅死者含冤，生者衔恨，实足破坏法纪，影响人心，昆明秩序，尤难维持。惟是被告等或主管行政，炙手可热，或军权在握，叱咤风云。除军人部分应由军事委员会管辖外，李宗黄等非军人部分，若用昆明地方院或云南境内其他同有法院管辖，揆情度理，法院殊无自由执行职务之余地。凭事论势，苟非偏袒不公，即难免变生意外。为此，状请钧院鉴核，适用刑事诉讼法第十条第二款，准依职权裁定，将本案共犯中非军人部分移转管辖于重庆实验地方法院，并陈：第一、被害事实及证据；第二、罪名及被告；及第三、请依职权裁定，移转管辖之理由三端（下略）具状人国立西南联合大学教授会
　　（原件存清华大学档案馆）周炳琳还受西南联大教授会的委托起草了《国立西南联合大学教授会为此次昆明学生死伤事件致报界之公开声明》，并于12月10日签发。向新闻界报告事实真相，指出“查前云南省政府兼代主席兼党务主任委员李宗黄、云南省警备总司令关麟征、第五军军长邱清泉，于惨案形成期内，实综揽当地军政大权，对于学生集会，恣意高压，应负邀起罢课风潮之责任”。要求新闻界“共同主持公道。”
　　在西南联大1945年12月4日召开的教授会上，周炳琳主张停课七天，少数教授主张长期罢教。周炳琳的主张得到绝大多数教授们的赞同。教授会通过决议：“自即日起校停课七日，对死亡同学表示哀悼，对受伤教授同学表示慰问，并对地方当局不法之横暴措施表示抗议。”对于此次教授会上的情况，西南联大历史系教授姚从吾在1945年12月11日《给陈雪屏、郑天挺的信》中写道：“枚荪发言也力量大增，几乎受全场的支持……他们竟真的把枚荪烘托成正义派了。”（原件存北京大学档案馆）中共中央在重庆办的《新华日报》，于1945年12月9日的社论《中国青年运动的光荣》中认为：“联大全体教授罢教一星期以响应，更是过去任何一次学生运动中所未曾有过的。”
　　12月4日，傅斯年到达昆明代理北大校长。他了解情况后于12月8日致急电朱家骅、陈布雷，建议将李宗黄、邱清泉等罪魁祸首调离昆明（这时关麟征已调离昆明）。12月11日，傅斯年又在给朱家骅的电报中再次指出：李宗黄“实为主谋主使”，必须去彼。可是身为教育部长的朱有骅并无处理李宗黄的权力。他起初表示“一俟事实明了，凶必严惩。”后来，当他意识到蒋介石有意庇护李宗黄时，不得不告诉傅斯年“李事一时当难办到”（《朱家骅1945年12月5日致傅斯年密电》，见《朱家骅档案》。这些重要资料都是闻黎明同志专程到台湾中央研究院档案中抄回来的，下同。）傅斯年1945年12月12日有致朱家骅转蒋介石密电，强调“教授对李宗黄极度愤恨。”可是，蒋介石在竭力庇护李宗黄，蒋于12月15日电谕朱家骅，声称：“此次昆明学潮情形复杂”，责令西南联大和云南大学将“其中主谋取及领导分子希望查明具报为要。”
　　蒋介石在12月7日手书《告昆明教育界书》中认为：“目前一切问题必以恢复课业为前提，以正常手续为解决，否则政府纵如何爱护青年，亦不能放弃其维护教育安定秩序之职责。”这时，他已经作了“最后外置”的准备。同日，朱家骅在给傅斯年将“限一小时到”的密电中透露了这一信息。他要求傅斯年“劝导学生即日复课”，“否则莫侧，弟亦难负责矣。”（《朱家骅1945年12月7日致傅斯年密电》）次日，朱家骅又亲笔以航空快信致函姚从吾（西南联历史系教授、国民党西南联大区分部书记），强调“此次昆明学潮迄未平息，中央极为关怀”，“务请足下劝导学生早日复课。否则后果莫侧，必致不可收拾也。”（《朱家骅1945年12月8日致姚从吾快函》）。
　　12月11日，在昆明学生罢课抗议声中，梅贻琦从北平南苑机场飞到重庆与教育部朱家骅部长晤谈，得悉国民党政府准备解散西南联大。他急忙于12日从重庆乘货运飞机在司机室加座赶回昆明。晚8时一到昆明，他没有回家，也没有吃晚饭，就赶到才盛巷北京大学办事处会晤傅斯年和周炳琳，向他们透露政府企图、了解半月来西南联大的经过情况，并商讨应对办法。他一面同他们交谈，一面吃汤面作晚餐直到半夜12点半才回到自己家中。
　　12月14日上午9时，梅贻琦约周炳琳等谈话，商定出布告宣布17日复课，并于即日召集学生会各代表训话。12月15日上午9时，梅贻琦与常委会全体委员召集西南联大学生代表在清华大学办事处谈话，先由梅贻琦说明学校规定17日上课的原因，以及届时不上课之严重后果；继由傅斯年、周炳琳等发言，“大旨皆于劝告之外指出此举关系学校前途之重大。”
　　可是，12月17日，西南联大学生“竟无上课”。中午联大常务会聚餐，下午3点，梅贻琦约西南联大教授会诸君茶话，报告近日的经过及不得不辞职之意。4时许，梅贻琦先退席，下午5时半在清华大学办事处召开西南联大教授会，周炳琳为主席，闻一多为书记，潘光旦教授等88人出席。教授会一致决议请梅贻琦缓辞。然后会上出现了一场长达五六个小时的激烈争辩。教授中，绝大多数人虽然对死难学生表示同情，对武力摧残自由表示愤慨，但都主张一面复课一面继续惩凶。会议通过了“劝导学生时与说明本星期四务必复课，如不肯复课，教授同人只好辞职。”教授会还拟定明日上午由各系主任联合召集学生代表，劝告复课并听取意见。下午分系由各系教授向本系学生劝告复课，如无效，教授们将总辞职。教授会散的很晚，会后梅贻琦约傅斯年、周炳琳在家吃便饭。
　　12月18日，各系主任向梅贻琦汇报：学生复课“似无大把握”。于是，梅贻琦于晚饭后到才盛巷北京大学办事处与傅斯年、周炳琳等“谈将来处理办法甚久。十一点归。”
　　12月19日下午3时，梅贻琦、周炳琳等一同出席西南联大教授会，梅贻琦为主席，闻一多为记录，出席王宏基等教授92人。教授会决议：“教授会决吁请政府对此次事变之行政首脑人员从速予以撤职处分，务期达到目的。”本次教授会推荐周炳琳牵头草拟劝导同学复课的《西南联大教授会告同学书》，劝告学生复课。全文如下：
　　本校罢课已将届月，其中所经过的惨痛之事实，已为国人所共见。本会之措施已屡经议决执行。关于本月一日之惨案，现在除军事负责首脑人员已经政府先行停职议处外，本会并请求政府对行政负责首脑人员先行撤职，决以去就力争，促其实现，关于非法禁止集会之禁令，已于本晚推举代表与现军政当局洽商，望其对合法之自由予之尊重。同学诸君心怀冤抑，同人深有同感，但默察校内外之情势，如学校早日恢复常态，同学对于政府之要求亦可早日实现，如坚持罢课，则前途演变恐有不忍言者，同人爱护同学，爱护学校，本中心之热忱。经屡次之会议，已请学校定于十二月二十日务必复课，务望同学诸君于是日晨照常上课。其有因故不能上课者，亦勿对上课同学有拦阻之举动，否则同人在校所司何事，尸位之讥，义不能受，亦当有以自处，谨此忠告，惟同学诸君察之。三十四年十二月十九日
　　这次西南联大教授会还推举冯友兰、周炳琳、赵迺抟三教授为教授会代表，往访云南省主席卢汉、新任云南警备总司令霍揆彰，要求取消禁止自由集会之非法禁令，严惩凶手及其主使人。(张友仁)